Het is een episch verhaal na de Tweede Wereldoorlog in Japan, het leven van een voormalige Amerikaanse G.I. die een deel van de Japanse Yakuza wordt.

'Annihilation' volgt een groep van vier vrouwen: een bioloog, een antropoloog, een psycholoog en een surveillant. De groep besluit op een gevaarlijke expeditie te gaan naar een locatie waar de natuurwetten niet gelden. Het onbewoonde en verlaten gebied is de laatste plek waar de man van een van de groepsleden is geweest.

Een groep astronauten, werkzaam in een ruimtestation, doet een schokkende ontdekking die alles wat ze denken te weten op zijn kop zet. Na een uitvoering van een wetenschappelijk experiment verdwijnt de Aarde. Wanneer er bovendien een ruimteveer verschijnt, moeten de astronauten vechten om te overleven.